اولین دستگاه سنگ شکن کشور سال 1369 همزمان با معتبرترین مراکز پزشکی دنیا در این بیمارستان نصب گردید. قدرت، توانایی و قابلیتهای این دستگاه همراه با پزشکان فوق تخصص و پرسنل مجرب، بخش سنگ‌شکن بیمارستان خاتم الانبیاء(ص) را بعنوان یک مرجع و نمونه معرفی نموده و سنگ شکنی کلیه را به سیستم درمانی بعنوان یک روش بسیار موفق به پزشکان کشور معرفی کرده است. تا کنون بیش از 20,000 مورد در این بیمارستان توسط سنگ شکن درمان شده‌اند که درصد موفقیت آنها حتی از آمارهای جهانی بالاتر است. دراین بیمارستان تمام سنگ های کلیه و نیز اکثر سنگهای موجود در قسمتهای میانی و تحتانی حالب و مثانه توسط اولتراسوند که خطری برای بیماران ندارند قابل مشاهده و هدف گیری هستند که در نوع خود کم نظیر است.
این بخش در تمام طول هفته صبح و عصر بجز جمعه ها و روزهای تعطیل آماده ارایه خدمات می باشد.
مسول بخش سنگ شکن: مهندس شهرام پرویزی